JCuda – ダウンロードとコンパイルで解説しているように実行すると、JCufft を作成する時にエラーで止まります。
これは9.1から cufftSetCompatibilityMode() が削除されたためなので、jcufft/JCufftJNI/src/JCufft.cpp の最後の関数の戻り値を JCUFFT_INTERNAL_ERROR 等に変更します。
これでコンパイルが通るようになりますが、今度は jcuda-main に移動して mvn clean するときに失敗します。この原因は pom.xml に cuDNN の設定が入っていることと、デフォルトの Ubuntu 16.04.x に openjdk-8-jdk パッケージがインストールされていないためです。
pom.xml から cuDNN の設定を削除し、openjdk-8-jdk をインストールすると、mvn install が成功し、output ディレクトリに jar ファイルが作成されます。
そのうち HP の方も修正します。修正しました。